Sobre la puerta de San Juan, por el interior, cuelga un pellejo, a modo de quilla, que la tradición leonesa ha identificado siempre como un "topo maligno". Él minaba el subsuelo durante la noche, cuando los canteros dormían, convirtiendo en ruinas sus trabajos diarios. Logran, por fin, sorprenderlo en una trampa y darle muerte, dejando su cadáver aquí colgado, como testimonio de aquella proeza.
Si la leyenda resulta poco verosímil, la filosofía que encierra nos ha dado pie para tomarla como punto de partida y recordar algunos de los momentos más significativos del drama histórico que ha sufrido en su propia estructura esta catedral sin paredes", marcada siempre por el signo de la inseguridad.
Ya dijimos que gran parte de su planta está minada por hipocaustos romanos del siglo II, lo que dificultó la buena cimentación de los pilares. La acumulación de humedades y la filtración de aguas ocasionó graves inconvenientes a los maestros. Por otra parte, la mayor parte de los sillares de la catedral son de piedra de mala calidad, deleznable ante los agentes atmosféricos. Además, la sutilidad de su estilo es un desafío a la materia; los soportes son sumamente frágiles, las líneas han quedado reducidas a una depuración total, a base de experiencias muchas veces frustradas.
Éstas han sido algunas de las razones más importantes por las que, ya desde finales del siglo XIV, comenzaron a verse fallos en su arquitectura. En aquella época se resintió al hastial sur, por haberse desequilibrado los pilares torales. Hubo que construir la "silla de la reina", obra del maestro Jusquín. El año 1631 se derrumbaron parte de las bóvedas de la nave central. El Cabildo recurrió a Juan Naveda, arquitecto de Felipe IV, quien cubrió el crucero con una gran cúpula, rompiendo los contrarrestos del sistema gótico, tan distintos de los del barroco. Tanto el hastial como las capillas del sur volvieron a estar en peligro. Aquél tuvo que ser reedificado el año 1694. Quiso poner remedio a estos desastres Joaquín de Churriguera levantando cuatro grandes pináculos sobre los pilares del crucero, a principios del siglo XVIII, pero las consecuencias de esta intervención serían nefastas.
Por León fueron desfilando grandes arquitectos, como Giacomo de Pavía, mientras los males seguían agravándose. El terremoto de Lisboa del año 1755 conmovió a todo el edificio, afectando de manera especial a los maineles y a las vidrieras. El año 1830 aumentaron los desprendimientos de piedras en el hastial sur y, para salvarlo, Sánchez Pertejo reforzó los contrafuertes de toda la fachada.
El Cabildo temió un desenlace fatal, cuando el año 1857 comenzaron nuevamente a caer piedras de las bóvedas. Intervino entonces la Real Academia de San Fernando, y el Gobierno encargó las obras a Matías Laviña. Éste se dispuso a desmontar la media naranja y los cuatro pináculos que la flanqueaban, pero el peligro de un total hundimiento se hacía más inminente. A su muerte se responsabilizó de las obras Hernández Callejo, quien pretendía seguir desmontando el edificio, cuando fue cesado en el cargo. Con los proyectos de Laviña, continuó la restauración Juan Madrazo el año 1869. Éste era un gran medievalista, buen conocedor del gótico francés. Modificó notablemente la disposición de las bóvedas, volvió a rehacer desde la arcada el hastial del sur y planificó todo el templo tal y como lo encontramos hoy. Para hacernos idea de aquella situación, transcribimos un informe de la Junta General del Reino, del 25 de enero de 1876, que dice: "El centro del crucero y brazo sur, años ha desmontado y en construcción; el ático de la fachada principal o de poniente, con un desplome hacia afuera que aumenta de día en día de un modo visible; la torre Norte, desde el cuerpo de las campanas, amenazando acostarse sobre las naves de la iglesia. Sin resistencia los arbotantes para contrarrestar el empuje de las bóvedas, a causa de la descomposición de la piedra; desmoronada la cornisa de coronación por la incesante acción de los elementos; y por último, las armaduras de la cubierta de todo el edificio en completa inutilidad por efecto del tiempo y de su viciosa construcción: todo este conjunto de fatales circunstancias hace fundamentalmente temer que este edificio, maravilla del arte, admiración de propios y extraños, no sea en breve más que un montón de escombros". A Juan Madrazo le sucedió en el cargo Demetrio de los Ríos el año 1880. Purista, como el anterior, continuó dando a la catedral el aspecto primitivo, según su pensamiento racionalista, y desmontó el hastial occidental, que había sido hecho por Juan López y Juan de Badajoz el Mozo, en el siglo XVI. A su muerte fue nombrado arquitecto de la catedral Juan Bautista Lázaro, que concluyó los trabajos de restauración arquitectónica en la mayor parte del edificio, y el año 1895 emprendió la ardua tarea de recomponer las vidrieras. Estas llevaban varios años desmontadas y almacenadas, con grave deterioro. Fue ayudado por su colaborador, Juan Crisóstomo Torbado.
El 27 de mayo de 1966 un incendio arrasó toda la techumbre de las naves altas.
En las últimas décadas se está trabajando con gran intensidad en el tratamiento de la piedra, sin que haya transcurrido el tiempo suficiente para acreditar la eficacia de estos intentos. Por ello nos preguntamos: ¿Ha muerto, de verdad, el topo de la Catedral?