Ocupan, entre otros espacios, la antigua capilla de san Juan de Regla, llamada así desde el año 1877, en que se trasladó a ella el culto de la Catedral. Anteriormente estuvo dedicada a san Nicolás, cuya vida, junto con la de santa Marina, se narra en los capiteles. Próxima a ella está la capilla del Conde Rebolledo, en uno de cuyos muros se empotra el mausoleo que alberga sus restos.
En estas salas hay valiosas obras tanto de escultura como pictóricas. Entre las primeras sobresale la imagen de la Asunción, de Alonso de Rozas, del siglo XVII, de tamaño natural y rica policromía al modo castellano. Junto a ella hay una excelente talla de la glorificación de san José, con el Niño en sus brazos y arrebolado sobre nimbos, de los que emergen angelitos con instrumentos de carpintería. Interesante es también el grupo de la Sagrada Familia, de escuela levantina. Otras obras, como san Francisco de Paula, san Francisco Javier o san Nicolás, atribuidos éstos últimos a Salvador Carmona, hacen de las salas un óptimo exponente de la escultura castellano-leonesa de los siglos XVII y XVIII.
Llama la atención por su rareza un curioso instrumento musical, llamado "realejo", ¿del siglo XVI?, aunque el armazón es del año 1739. Lo transportaban entre cuatro personas por las calles cuando había procesiones solemnes. Próximo a él, se encuentra el botamen del antiguo hospital de san Antonio, patrocinado por la Catedral. Es de cerámica de Talavera, decorado cada tarro con el escudo de dicho centro benéfico y el nombre del medicamento que guardaba. En la base de uno de ellos, puede leerse la siguiente inscripción: "Se acabó esta botería a 5 de agosto a las diez de la mañana, con bastante trabajo. Año de 1768".
En estas mismas salas barrocas hay un armario mudéjar del siglo XIV, con catorce portezuelas en la fachada, todo recubierto de finísima y abundante labor de lacería morisca. Sirvió durante muchos siglos para guardar los documentos y códices de la Catedral; entre ellos hay tres expuestos en el Museo.
Sobresalen entre sus lienzos: el de Francisco Camilo, representado a san Andrés, con claros tintes de la escuela madrileña, un crucificado con faldilla, de Mateo Cerezo, pintado el año 1664, el Viacrucis de Salvador Maella, procedente de Villabalter; en él se aprecian rasgos goyescos, con una gran limpieza de color y nerviosismo de trazos que en ocasiones no pasan de simples esbozos. Abundan otros de escuela italiana, como el Padre Eterno o la copia de Emaús, con gran acercamiento al original de Caravaggio. Obra digna de la mejor pinacoteca es el retrato de un anciano, claramente veneciano, del siglo XVII. La Virgen y san Antonio mereció la atención de Gómez Moreno, quien no dudó en atribuirla a Alonso Cano. Matías Jimeno pintó dos excelentes lienzos; el del martirio de san Bartolomé, el año 1651 y el de san Jerónimo, recientemente restaurado, en 1644.
También llama la atención, por su originalidad el sagrario-expositor de la parroquia de santa Cristina del Páramo, con pinturas en todo su interior, figurando a la Santísima Trinidad, la Anunciación, los cuatro evangelistas y los cuatro santos Padres latinos.